主要区别有三点：1、主体资格：自然人申请须提供个体工商户营业执照，且经营范围需覆盖所申请的商品/服务类别；公司申请则以公司营业执照为准。2、权利归属：公司商标属于公司资产，股东变动不影响；自然人商标属于个人财产。3、使用要求：两者均需按要求使用并留存证据。